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Post by alamin4471 on Aug 14, 2023 4:49:02 GMT -7
基因中的 159 个上调基因与 EnrichR 一起使用来选择 DMD 成纤维细途径。KEGG(图 2C)和HumanCyc(图 2D)数据库揭示了许多与糖酵解、糖异生和TCA循环相关的常见DMD上调途径(附加文件1:图S2)。此外,这些结果表明 DMD 成纤维细胞可能正遭受缺氧应激,因为我们发现 HIF-1 信号通路上调的基因。 图2 图2 来自 DMD 和对照患者的 iPSC 来源的心脏成纤维细胞的转录组分析。sPLS-DA 用于选择区分 DMD(黑色)和 CON(灰色)样本的基因。iPS 衍生的心脏成纤维细胞取自 3 名 DMD 患者和 3 名健康捐赠者。一份对照品和一份 DMD 重复运行。答:单独图显示分量 1(x 轴)捕获组 C级执行名单间方差,分量 2(y 轴)主要由组间方差组成。乙:所选基因的变量(基因)图(keepX 设置为每个组件 400),在 DMD(红色)中向上或在 CON(蓝色)中向上。x 和 y 轴对应于图 2A 的样本放置。黑点被丢弃,因为 y 位置比 x 位置更显着,或者 该基因的 vip 分数 < 1。C:从图 2B 中选择的差异表达基因的热图。行注释颜色为在图 2B 中(DMD 中向上(红色),CON 中向上(蓝色))。列注释的颜色如图 2A 所示。标准化 RNA 表达按行缩放,因此红色和蓝色表示高于或低于行平均值的表达。EnrichR 用于寻找 DMD 上调基因显着富集的途径,如 sPLS-DA 选择的那样,使用D:京都基因和基因组数据库百科全书(KEGG2021)以及E:
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